Il deserto siberiano si trova nella regione Trans-Baikal della Russia, a circa 300 miglia a est del lago Baikal. Il deserto è nella tundra della Russia, una regione fredda, asciutta e piatta con un albero minimo crescita. Si trova tra le catene montuose Kodar e Udokan, vicino al confine condiviso con la Cina.
La Società Geografica Russa nota che il deserto è lungo solo 7 miglia per 3 miglia di larghezza. Il centro della popolazione più vicino è la capitale del distretto di Chara, che si trova a circa quattro miglia dal deserto. Le escursioni turistiche nel deserto iniziano generalmente a Chara. Anche se non ci sono strade asfaltate, il deserto siberiano è accessibile a piedi, a cavallo o in fuoristrada.
