La pioggia acida colpisce gli animali modificando il pH dei loro ambienti. L'aumento dell'acidità causa cambiamenti anatomici, riduce la popolazione di alcuni organismi e può influire sulla riproduzione in alcune specie.
National Geographic definisce le piogge acide come qualsiasi tipo di precipitazione contenente alti livelli di acido solforico e nitrico. Quando la pioggia acida raggiunge la Terra, gli acidi affondano nel suolo e entrano nei sistemi idrici, come fiumi, laghi e corsi d'acqua. Negli ecosistemi acquatici, la pioggia acida danneggia gli animali aumentando l'acidità dell'acqua. Ciò aumenta la quantità di alluminio assorbito dal terreno circostante, rendendo l'acqua tossica per gli animali acquatici. Nelle aree in cui il pH dell'acqua scende al di sotto di cinque, ci sono meno gamberi e insetti. L'acidità aumentata influenza anche il tasso di crescita e le capacità riproduttive dei pesci.
Anche la pioggia acida ha un effetto sugli animali che vivono nella foresta. La pioggia favorisce cambiamenti nel pH del terreno, rendendo più difficile per gli alberi assorbire l'acqua. Gli effetti delle piogge acide rendono anche più difficile per alberi e altre piante resistere a malattie, danni agli insetti e variazioni di temperatura. Quando alberi e piante danneggiati muoiono, non c'è più cibo disponibile per gli animali che vivono nell'ecosistema forestale.