La pioggia acida con un pH di 1,0 e inferiore influenza la germinazione dei semi ritardando il processo di germinazione. Alcuni semi sono più resistenti all'effetto della pioggia acida di altri.
La pioggia acida è dannosa per le piante in tutte le fasi della crescita. Il tasso di germinazione, la velocità di germinazione, la lunghezza della radice e molte altre misure di crescita sono influenzate negativamente dalle piogge acide. La pioggia acida aumenta la quantità di tossine nel suolo e nell'atmosfera circostante. Piombo libero, alluminio, rame e altri metalli tossici sono più prevalenti nel suolo con la presenza di piogge acide. La pioggia acida abbassa anche l'equilibrio del pH del suolo, che colpisce la popolazione di microrganismi che distruggono il materiale organico. Poiché questo processo è necessario per rilasciare sostanze nutritive nel terreno, si ottiene un minor numero di nutrienti per la crescita della pianta. Inoltre, la pioggia acida provoca danni al rivestimento protettivo ceroso sulle foglie. Quando il rivestimento protettivo è danneggiato, si perde preziosa umidità. L'acido prende il posto di parte dell'acqua nella pianta, danneggiando la capacità della pianta di fotosintetizzare in modo efficiente. Il danneggiamento del rivestimento ceroso sulle foglie della pianta causato da piogge acide rende anche una pianta più suscettibile al freddo.
