La sindrome di Down può influenzare il sistema nervoso del corpo provocando un rallentamento o una mancata accensione dei nervi in momenti diversi; può anche causare convulsioni. Anche se può essere dannoso per il sistema nervoso, spesso è più dannoso per i sistemi di sviluppo del corpo e per gli altri sistemi che funzionano per far funzionare correttamente il corpo.
La sindrome di Down ha molti effetti diversi sul corpo. È in grado di colpire quasi tutti i gruppi di organi del corpo, ma può influenzare diverse aree a seconda del paziente specifico e della particolare situazione in cui il paziente è coinvolto. Più comunemente, è in grado di influenzare l'udito, la vista, il sistema circolatorio e i sistemi ossei.
I pazienti che hanno la sindrome di Down sono più predisposti alle malattie cardiache e possono essere a rischio per una precedente malattia di Alzheimer. Sono anche più suscettibili ai problemi di udito e possono soffrire di problemi articolari, come l'artrite, in età molto precoce. La maggior parte delle persone che hanno la sindrome di Down sono in buona salute e sono in grado di imparare a funzionare nella società, ma hanno spesso più difficoltà a farlo a causa delle varie limitazioni che la malattia mette sui loro corpi. I pazienti con sindrome di Down spesso impiegano più tempo a svolgere compiti, compresi i compiti di abilità motorie, rispetto ai pazienti che non hanno la malattia.