L'elettroforesi è importante perché è usata per separare le macromolecole, come il DNA, l'RNA e le proteine. I gel fabbricati con poliacrilammide vengono in genere usati per separare il DNA e le proteine in base alle loro diverse dimensioni. Le proteine sono anche separate in base alle loro differenti cariche.
Quando l'elettroforesi, nota anche come elettroforesi su gel, viene utilizzata per separare le molecole di DNA, una soluzione delle molecole viene posizionata all'interno di un gel. Le molecole di DNA caricate negativamente vengono tirate attraverso il gel da un campo elettrico. Molecole di DNA che sono piccole mosse attraverso il gel più velocemente di grandi molecole di DNA. Il movimento delle molecole attraverso il gel crea una serie di bande. Ogni banda è separata in molecole di DNA di dimensioni particolari. Le bande che si trovano più lontane dall'inizio del gel contengono i frammenti più piccoli del DNA, mentre quelli più vicini all'inizio del gel contengono i più grandi frammenti di DNA.
L'elettroforesi viene utilizzata per separare i frammenti di DNA per ottenere un'impronta del DNA per scopi forensi, test di paternità, controllo delle reazioni di PCR e per cercare relazioni evolutive tra organismi. Il processo viene anche utilizzato per testare e localizzare i geni associati a una specifica malattia e per distinguere tra campioni di materiale genetico.
