I giaguari corrono il rischio di estinguersi perché i loro habitat naturali stanno scomparendo costantemente a causa dell'invasione umana. Tuttavia, i numeri dei giaguari stanno diminuendo anche perché gli allevatori li uccidono come una minaccia per il loro bestiame e la caccia dei bracconieri li per la pelliccia. Sebbene la maggior parte dei paesi che contengono habitat naturali di giaguari, che vanno dagli Stati Uniti all'Argentina, proibiscano la caccia ai giaguari, il loro numero continua a diminuire.
Il motivo principale per l'esaurimento della popolazione mondiale dei giaguari è la perdita di habitat. La maggior parte dei giaguari vive nella fitta foresta pluviale della giungla amazzonica, ma la foresta sta rapidamente scomparendo a causa della radura per insediamento umano. Le persone radono al suolo gli alberi per l'allevamento del bestiame, le piantagioni di gomma, l'agricoltura del cacao e la costruzione di abitazioni umane. Spesso, i frammenti di giungla messi da parte come riserve non danno ai giaguari spazio sufficiente in cui prosperare. Quando la loro preda naturale scompare, i giaguari inseguono il bestiame e altri animali. Per rappresaglia, molti proprietari di bestiame assumono cacciatori a tempo pieno che sparano a giaguari a vista. Inoltre, nonostante i divieti internazionali di caccia, importazione e vendita di pelli di giaguaro, le loro pelli sono ancora richieste.
Dagli anni '60, sono stati fatti notevoli sforzi di conservazione per salvare il giaguaro. Nel 1973, la Convenzione sul commercio internazionale delle specie minacciate di estinzione ridusse drasticamente la vendita di pelli. Gli sforzi per ridurre l'invasione umana sugli habitat dei giaguari includono la creazione di nuovi santuari, l'ecoturismo e l'educazione degli allevatori di bestiame. Tuttavia, tali misure sono state inefficaci nel contrastare il costante esaurimento del numero di specie.
