I rettili sono importanti perché ricoprono un ruolo vitale nella catena alimentare, agiscono come impollinatori e controllano i parassiti. I rettili sono predatori di alcuni animali e preda per gli altri, rendendoli un componente fondamentale nell'ecosistema .
Gli alligatori americani sono una specie importante perché scavano "buchi gator" nelle aree in cui vivono, che contengono l'unica acqua disponibile durante la stagione secca nelle Everglades. Queste piccole macchie d'acqua fungono da rifugio per altri animali acquatici e una fonte d'acqua per piante, uccelli e animali. Un rettile strettamente correlato, il coccodrillo, è considerato una specie chiave di pietra perché è molto influente nel suo habitat.
Oltre a essere fondamentali per le reti alimentari di molti ecosistemi, i rettili possono anche svolgere molti altri ruoli importanti. Ad esempio, alcuni rettili fungono da impollinatori. Il geco di giorno dalla coda blu impollina una specie rara di pianta situata su Mauritius. Come unico impollinatore, il geco è essenziale per la sopravvivenza della pianta. I rettili servono anche a tenere sotto controllo le specie di parassiti ei roditori, a vantaggio delle comunità agricole in cui i parassiti possono distruggere i raccolti.
Sebbene i rettili siano una parte positiva dell'ecosistema, la loro sopravvivenza è minacciata dall'uomo, dalla perdita di habitat e dai cambiamenti climatici. Spesso i rettili sono messi in pericolo da specie invasive introdotte in un ambiente e subentrano.