La clonazione come tecnologia è considerata una cattiva idea al suo attuale livello di sviluppo perché solleva una serie di preoccupazioni etiche e biologiche. Questi includono la non vitalità di molti feti clonati, lo sviluppo di disturbi fisiologici più tardi nella vita, l'aumentata suscettibilità alle malattie trasmissibili e altre circostanze.
I cloni si verificano naturalmente in tutte le aree della natura. Qualsiasi gemello identico, umano o meno, è un clone. Molte specie di microbi e alcune specie di animali e piante si riproducono attraverso la clonazione. I problemi derivano dai tentativi umani di creare cloni artificiali, in particolare quelli dei mammiferi, poiché la tecnologia è ancora agli inizi e molti fattori sono sconosciuti.
Ben oltre il 95 per cento degli embrioni di cloni fecondati diventa non vitale e incapace di sopravvivere oltre le fasi iniziali a causa di difetti genetici. I cloni che sopravvivono spesso sviluppano una serie di complicazioni più tardi nella vita, come organi anormalmente ingranditi, sistemi immunitari compromessi e altri difetti genetici. Questi fattori mettono in discussione i dilemmi etici se applicati alla possibilità di cloni umani, in quanto la clonazione porta alla possibilità di morte e sofferenza umana.
Gli esperti ipotizzano che i cloni prodotti in gran numero possano anche tutti condividere la stessa vulnerabilità alle malattie trasmissibili e potrebbero essere spazzati via da un singolo agente patogeno. Una popolazione con genetica più diversificata si dimostrerebbe più resistente. Anche le grandi popolazioni di cloni possono soffrire di problemi di consanguineità.