Il layout di Penn Station si compone di tre livelli: un livello stradale, un livello superiore e un livello inferiore. Il layout include anche binari e piattaforme, aree di deposito bagagli, negozi e ristoranti. Il livello della strada ha le entrate principali della Penn Station, tra cui l'entrata della 34th Street a Long Island Rail Road vicino a 7th Avenue, 7th Avenue LIRR e New Jersey Transit alle 31st e 32nd Street, e 8th Avenue Amtrak alle 31st e 33rd Street. .
Il piano superiore della Penn Station è la sede del servizio ferroviario Amtrak e New Jersey Transit. Il lato 8th Avenue dell'edificio ospita le piattaforme Amtrak, mentre il lato 7th Avenue dell'edificio ospita il terminal NJ Transit. Il livello più basso è la posizione delle piattaforme LIRR e presenta diversi concorsi: il Concourse West End, il Concourse Exit, il Concourse Centrale, il Corridoio Hilton e il Concourse Connecting. Da qui, la connessione è possibile per le linee della metropolitana di New York City A, C ed E, e 1, 2 e 3.
Gli ascensori forniscono l'accesso a livello stradale e alla stazione della Penn Station agli ingressi principali della 34th Street e della 7th Avenue. Penn Station è sede di numerosi venditori di cibo e bevande, oltre che di negozi e fornitori di servizi.
