I funghi sono decompositori vitali nell'ecosistema, abbattendo organismi morti e rifiuti biologici, liberando nutrienti per l'uso da parte di altri organismi e liberando i loro resti. I funghi agiscono anche in associazione con alcune piante e alghe, e sono spesso vitali per la sopravvivenza di questi organismi. Alcune specie sono parassite.
Tutti i funghi ricevono energia e nutrimento dal loro ambiente e non sono in grado di generare da soli il cibo come fanno le piante. I funghi crescono come masse di strutture filiformi conosciute come ife. Questi hanno una superficie molto alta per il loro volume e permettono ai funghi di assorbire facilmente i nutrienti. Sono generalmente sepolti nel terreno e in organismi in decomposizione, come il legno in decomposizione. I funghi parassiti hanno ife specializzate per penetrare organismi viventi, di solito piante.
I funghi nelle relazioni mutualistiche con le alghe sono chiamati licheni. Le associazioni tra le specie fungine e le specie di alghe sono spesso così complete che a ogni tipo viene dato un nome di specie nel suo complesso, nonostante contenga due diversi organismi. A causa di questa associazione, i licheni possono sopravvivere dove nessun altro organismo fotosintetico può essere, e sono una fonte di cibo vitale in alcuni ambienti molto freddi. Altri funghi crescono in associazione con le radici delle piante, dove forniscono nutrienti vitali in cambio di zuccheri e amminoacidi. Si stima che il 90% delle piante vascolari abbia associato specie di funghi in relazioni reciproche con loro.
