Il pinguino imperatore è vicino alla cima della catena alimentare, nutrendosi di pesce, krill e calamari. Solo grandi mammiferi marini si nutrono del pinguino imperatore, compresi gli squali.
Il pinguino imperatore è agile e forte nell'acqua, entrambe qualità che lo rendono un buon predatore. È un grande sommozzatore che può immergersi più profondamente di altri uccelli; record per immersioni di pinguino imperatore raggiungono fino a 1.750 piedi. Il pinguino imperatore normalmente trascorre circa cinque minuti o meno alla volta sott'acqua e si tuffa solo poche centinaia di metri sotto la superficie. Questo pinguino può nuotare velocemente durante le immersioni per la sua preda.
