La microflora indigena è definita come la comunità di microrganismi che vivono su o in un altro organismo vivente o in un particolare ambiente. Questi microrganismi includono batteri, alghe e funghi.
Il tessuto animale sano, come sangue e muscoli, è normalmente privo di microrganismi, ma ci sono molti posti all'interno e all'interno del corpo sano dove sono sempre presenti microrganismi, tra cui la pelle, le mucose e l'intestino tratto. Questa flora normale, chiamata anche "microbiota indigeno", non è generalmente di natura patogena e, nella maggior parte dei casi, fornisce benefici all'ospite. Per la maggior parte, la relazione tra l'ospite e la sua flora può essere descritta come "mutualistica". Mentre l'ospite fornisce ai batteri un apporto costante di nutrienti e protezione dall'ambiente, i batteri aiutano i processi digestivi dell'ospite e aiutano a proteggere l'ospite dall'essere infetto da microbi patogeni.
I microbi che abitano il corpo umano sano medio rappresentano un numero enorme di cellule. Il corpo umano è composto da circa 10 trilioni di cellule, ma secondo la rivista Discover, il numero di cellule batteriche che ospita il corpo è più vicino a 100 trilioni o dieci volte di più. Tuttavia, poiché le cellule batteriche sono così piccole, l'intera popolazione microbica riempirebbe solo una brocca da mezzo gallone.
