La formula strutturale per 3-esene è CH3-CH2-CH = CH-CH2-CH3. Un 3-esene è uno dei molti isomeri costituzionali di C6H12 e ha un peso molecolare di 84,16 grammi per mole.
Un 3-esene è una catena di sei carbonio che contiene un doppio legame tra il terzo e il quarto carbonio. Il doppio legame può essere un doppio legame cis o un doppio legame trans. Se entrambi i carboni attaccati si trovano sullo stesso lato del doppio legame, è un doppio legame cis e può essere scritto come (3Z) -3-esene. Se i carboni attaccati si trovano su lati opposti del doppio legame, si tratta di un legame trans-doppio e può essere scritto come (3E) -3-esene.