L'Epopea di Gilgamesh ha diversi temi morali, ma il tema principale è che l'amore è una forza motivante. Altri temi morali in questa epopea sono l'inevitabilità della morte e il pericolo di trattare con gli dei .
L'amore nell'amicizia di Enkidu e Gilgamesh ispira entrambi a essere uomini migliori in modi diversi. Gilgamesh è stato in grado di estrarre Enkidu dai suoi modi egocentrici e ispirare Enkidu alla nobiltà. A sua volta, Enkidu controlla l'irrequietezza di Gilgamesh e motiva Gilgamesh a fermare il suo bullismo e la sua tirannia, permettendogli di diventare un eroe e un re migliori. La loro connessione consente a Gilgamesh di entrare in contatto con i bisogni della sua gente.
La mancanza di un interesse femminile romantico in questa epica non significa che l'amore erotico non abbia alcun ruolo. L'educazione di Enkidu inizia con la sua iniziazione sessuale da una prostituta del tempio. Questo è ciò che inizia i problemi dei due eroi, in quanto coincide con la loro disapprovazione di Ishtar, la dea dell'amore. Solo quando Gilgamesh capirà che il suo posto è sulla terra, Ishtar torna al suo posto d'onore.
Un'altra grande lezione che Gilgamesh impara è la verità ineluttabile della morte umana. Si risente per l'immortalità degli dei, e quando Enkidu muore di una morte dolorosa, Gilgamesh diventa ancora più terrificato dell'idea della sua stessa morte. La sua seconda ricerca in Utnapishtim, un tentativo di sfuggire alla morte, gli insegna che anche se gli umani muoiono, l'umanità vive ancora.
Sia Gilgamesh che Enkidu apprendono che gli dei sono pericolosi da affrontare, poiché possono comportarsi emotivamente e irrazionalmente. Attraverso la grande alluvione, apprendono che le azioni degli dei non possono essere comprese dagli umani. In Mesopotamia, la pietà e il rispetto per gli dei non sono obblighi ma piuttosto un riconoscimento pratico del potere della natura e un richiamo al ruolo dell'umanità nel più grande schema di cose.
