Il gel di agarosio viene utilizzato nel processo di elettroforesi, che separa i frammenti del DNA in base alla loro struttura e dimensioni Le molecole di DNA sono generalmente digerite con enzimi di restrizione e l'elettroforesi su gel di agarosio funge da strumento diagnostico per aiutare i ricercatori a visualizzare i frammenti. Il gel di agarosio è una sostanza densa e viscosa, costituita da matrici polisaccaridiche, che cattura essenzialmente le molecole trasportate dalle correnti elettriche.
La tecnica dell'elettroforesi su gel di agarosio ha diverse importanti applicazioni. Questo metodo è utilizzato nella scienza forense, così come nei laboratori chimici e in campo farmaceutico e medico. Secondo ASU, il gel di agarosio consente alle persone di analizzare i frammenti di DNA che si verificano a seguito della digestione enzimatica da parti più grandi del DNA. Il gel consente una chiara visualizzazione dei frammenti, che è essenziale per determinare la dimensione delle particelle in molti campi di ricerca. Quando le molecole di DNA vengono posizionate su campi con correnti elettriche, le molecole caricate negativamente migrano verso l'estremità positiva del campo, che contiene gel di agarosio caricato positivamente. Il gel è una rete a matrice reticolata che funge da maglia tridimensionale o schermo per attrarre molecole di DNA caricate negativamente. Queste molecole vengono tirate verso l'estremità positiva della base di gel dalle correnti, ma incontrano resistenza dall'agarosio, che quindi isola le molecole di DNA.