La calcite si presenta come stalattiti e stalagmiti nelle caverne e si trova anche nei depositi minerali nelle sorgenti calde. Costituisce il guscio di organismi marini come bivalvi ed echinodermi.
La calcite si trova in rocce sedimentarie, principalmente calcaree, costituite da gusci di organismi marini morti.
Nelle caverne di calcare, l'acqua piovana gocciola sulle rocce e raccoglie il biossido di carbonio e altri minerali dal calcare. Questa combinazione crea bicarbonato di calcio, che è essenzialmente una versione dissolta della calcite, nell'acqua. L'acqua gocciola dal soffitto e lascia dietro di calcite che diventa col tempo una stalattite. Si forma una stalagmite quando la stalattite gocciola acqua sul pavimento della caverna e l'acqua deposita calcite in una pila crescente nel tempo.
La calcite è presente nei gusci di vongole, coralli, granchi e altri organismi marini. È presente anche nelle parti dure delle alghe rosse, alcuni vermi tubolari e alcune spugne. Si trova in rocce vulcaniche o rocce di mantello come kimberlite, carbonatiti e peridotiti.
La grotta del fiume Snowy nel Nuovo Messico contiene un letto di calcite bianca, che viene attribuito ai microrganismi e alle acque sotterranee che dissolvono le pareti della grotta nel tempo.
I più grandi cristalli di calcite mai registrati sono stati scoperti in Islanda e pesavano circa 250 tonnellate.
