Inchiostro dell'India, rosso Congo e Eosina possono essere usati come coloranti alternativi al posto di Nigrosina per la colorazione negativa. L'inchiostro dell'India funziona bene, ma le sue minuscole particelle causano il movimento Browniano, che rende l'identificazione dei batteri un un po 'difficile.
Le macchie negative non macchiano le cellule batteriche, che sono caricate negativamente, ma lo sfondo intorno alle cellule. Sotto il microscopio, le cellule appaiono come contorni incolori su uno sfondo scuro. Questo metodo di colorazione viene utilizzato per lo studio di campioni che non devono essere fissati con alcol o calore, in modo che sia possibile visualizzare una cellula vivente.
Alcuni batteri hanno strutture extracellulari chiamate capsule, che vengono facilmente distrutte mediante lavaggio e riscaldamento. Per identificare se i batteri del campione hanno capsule, viene impiegata una tecnica delicata con colorazione negativa.
