L'RNA trascritto è separato da un singolo filamento di DNA usato come modello, quindi tagliato in pezzi per essere tradotto in proteine, mentre il DNA che si forma durante la replicazione del DNA rimane legato al singolo filamento per diventare un nuovo, piena molecola di DNA con un doppio filamento. La trascrizione dell'RNA e la replicazione del DNA iniziano in modi molto simili.
In entrambi i casi, un enzima, la RNA polimerasi per la trascrizione e la DNA polimerasi per la replicazione, divide la molecola del DNA a doppio filamento lungo il centro, formando singoli filamenti. I nucleotidi sono quindi legati ai nucleotidi del DNA in una sequenza determinata dal DNA. Tutti e quattro i possibili nucleotidi per il DNA si adattano solo a uno degli altri quattro.
La prima differenza nasce dal fatto che, durante la trascrizione, il doppio filamento del DNA è solo parzialmente diviso, mentre durante la replicazione del DNA, il doppio filamento deve essere interamente diviso. La prossima differenza è che l'RNA non è identico al DNA, nonostante sia simile. Uno dei nucleotidi dell'RNA è diverso, sebbene sia ancora compatibile con l'associazione del nucleotide che sostituisce. Il taglio dell'RNA risultante porta a scartare sezioni inutilizzate, chiamate introni, mentre gli esoni utili sono bloccati insieme a istruzioni complete per la costruzione di una molecola proteica.
