Molti degli uccelli, rettili, anfibi e mammiferi della foresta pluviale sono in pericolo. Questi includono animali familiari, come gli scimpanzé dell'Africa centrale e animali relativamente sconosciuti, come la rana elefantessa dell'Australia. Le foreste pluviali tropicali ospitano più specie di qualsiasi altro habitat terrestre.
Gli uccelli della foresta pluviale in via di estinzione includono il giacinto e gli Ara di Lear del Sud America e il cacatua dal cratere giallo dell'Indonesia. La distruzione degli habitat è un problema serio per molti di questi uccelli, ma alcuni di essi, in particolare l'ara giacinto, hanno anche registrato un declino della popolazione a causa della raccolta per il commercio di animali domestici.
Le popolazioni anfibie in tutto il mondo sono in declino da diversi anni. Sia la rana d'oro del dardo velenoso che la mantilla dorata sono animali in via di estinzione nel pavimento della foresta pluviale. Le cause del declino degli anfibi non sono chiare in tutti i casi e possono derivare dalla combinazione di distruzione dell'habitat, funghi, cambiamenti climatici e raccolta.
I mammiferi come il rinoceronte di Giava e la tigre di Sumatra sono a rischio di estinzione. Entrambi sono cacciati per le loro presunte proprietà medicinali, ma affrontano anche habitat sempre più frammentati. Il bradipo tridattilo e il bradipo pigmeo pigmeo sono altri due animali che stanno scomparendo dagli habitat tropicali della foresta pluviale.
