La maggior parte delle colonie batteriche coltivate in piastre di coltura sono in genere di aspetto bianco, crema o giallo e sono relativamente circolari. Alcune colonie, tuttavia, possono presentare caratteristiche non comuni. Le colonie fungine, come le muffe o il fungo che causa il piede dell'atleta, sono generalmente grandi, sfocate e diventano di un colore diverso mentre crescono verso l'esterno dai loro centri.
Le caratteristiche specifiche di una colonia sono indicate come morfologia della colonia, che aiuta l'identificazione della specie. Oltre alle caratteristiche di base, alcune colonie possono essere identificate da una forma irregolare, filamentosa o rizoidale.
Girando il piatto di coltura su un lato, l'osservatore può notare se l'altezza della colonia, o sezione trasversale, è sollevata, convessa, piatta, umbonata o crateriforme. Un ulteriore fattore identificativo è l'opacità; la colonia può essere chiara, traslucida, opaca o iridescente.
