I principali fiumi del Madagascar includono i fiumi Betsiboka, Tsiribihina, Mangoky e Onilahy, che partono tutti dagli altopiani orientali e scorrono a ovest verso il Canale del Mozambico. Molti di questi fiumi scorrono attraverso fertili vallate e forniscono la maggior parte dell'irrigazione dell'isola per le colture. Il fiume più lungo del Madagascar è il Betsiboka, che scorre ad est di Antananarivo, la capitale e la città più grande.
Il fiume Betsiboka si riversa regolarmente nel porto di Mahajanga sulla costa settentrionale del Madagascar. A causa di un secolo di vaste deforestazioni e forti piogge nei primi anni 2000, l'estuario di Betsiboka ha subito una massiccia erosione. Il limo rosso veniva trasportato dalle montagne e dalle colline fino alla costa con piogge tropicali. L'erosione si è intensificata quando il ciclone tropicale Gafilo ha colpito il Madagascar nel 2004. Le navi oceaniche sono state in grado di risalire il Betsiboka, ma enormi quantità di limo ora impediscono alle navi di risalire a monte.
I fiumi occidentali del Madagascar corrono più lentamente e si espandono in diverse valli fluviali. I fiumi della costa orientale viaggiano rapidamente dagli altopiani verso l'Oceano Indiano. Diversi fiumi orientali presentano cascate che sfociano nell'Oceano Indiano.
Grandi fiumi come Betsiboka, Ikopa e Mangoky scaricano diverse centinaia di migliaia di miglia quadrate di bacino. Questi bacini sono responsabili delle principali colture, mangrovie e foreste tropicali.
