I primi esploratori portoghesi diedero il nome al Madagascar a causa di rapporti di Marco Polo di un'isola con quel nome, anche se molto probabilmente non era la stessa isola. Gli abitanti nativi del Madagascar sono chiamati malgasci.
Il primo nome europeo dato al Madagascar era Saint Lawrence. Fu dato da un esploratore portoghese di nome Diogo Dias che scoprì l'isola per caso. Il Madagascar era molto probabilmente disabitato fino a circa 2500 anni fa, quando i coloni provenienti dall'Indonesia e dall'Africa orientale si recarono sull'isola e si sposarono. Esploratori britannici, olandesi, portoghesi e francesi hanno tentato di stabilire colonie in Madagascar ma nessuna ha avuto successo, quindi le acque circostanti sono diventate un bersaglio comune per la pirateria.