A livello individuale, gli animali ibridi a volte hanno problemi riproduttivi, di salute o comportamentali a causa della loro genetica. Ecologicamente, gli ibridi sfociano le linee delle specie e pongono problemi per la conservazione.
Un ibrido è la progenie dei genitori di due specie distinte o sottospecie. Molte specie, a causa di differenze genetiche o comportamentali, non si incrociano o non possono incrociarsi per produrre prole vitale. Tuttavia, in alcuni casi due specie sono abbastanza simili geneticamente da creare una progenie ibrida. Alcuni ibridi, come i muli, sono sterili. I muli derivano da un incrocio tra un cavallo femmina e un asino maschio. Mentre la mula stessa può raggiungere una sana età adulta, è tipicamente incapace di produrre gameti propri e non si riproduce.
Un liger è un ibrido tra una tigre femmina e un leone maschio, ed è spesso più grande di entrambi i genitori. I ligers sono soggetti a problemi di salute e difetti di nascita e molti non sopravvivono fino all'età adulta. È anche difficile per la tigre dare alla luce i suoi cuccioli ibridi; le loro grandi dimensioni possono richiedere una sezione c per la madre.
Anche gli animali ibridi possono esibire comportamenti imprevedibili. Un esempio famoso è l'ibrido di lupo, che è un incrocio tra un cane domestico e un lupo. Pochi articoli revisionati da pari sono stati scritti sul tema del comportamento ibrido del lupo e gli animali sono circondati da una grande quantità di controversie. Alcuni proprietari sostengono che i loro ibridi sono animali gentili e timidi, mentre altri aneddoti indicano che gli ibridi di lupo sono imprevedibili e pericolosamente aggressivi. Alcuni dei problemi derivano dal fatto che i cani sono stati addomesticati da 15.000 a 30.000 anni e, in quel momento, sono stati selettivamente allevati per specifici modelli comportamentali che sono vantaggiosi per i proprietari. La genetica conflittuale di un incrocio tra cani lupo porta all'imprevedibilità. Gli ibridi di lupo sono anche in grado di vedere i loro proprietari come il loro branco, e occorre prestare attenzione alla parte del proprietario per farsi valere come membro dominante del branco.
Un problema di ibridazione su scala più ampia proviene da ibridi selvatici. Alcune specie di uccelli acquatici selvatici, ad esempio, possono facilmente incrociarsi con le controparti domestiche. Questo può confondere le acque genetiche di una specie, in alcuni casi nella misura in cui una specie è in pericolo di estinzione attraverso l'ibridazione. Questo problema non è in alcun modo limitato agli uccelli acquatici. Il gatto selvatico scozzese è in pericolo di estinzione a causa dell'ibridazione con i gatti domestici selvatici.
