Le due differenze chiave tra le credenze metodista e presbiteriana sono che i metodisti rifiutano la dottrina calvinista della predestinazione mentre i presbiteriani lo accettano e che la chiesa metodista è organizzata secondo le tradizionali linee episcopali, mentre i presbiteriani hanno il loro unico sistema di leadership da anziani (o "presbiteri"). Altrimenti, queste due denominazioni cristiane condividono molte delle stesse qualità.
L'accettazione o il rifiuto della dottrina calvinista della predestinazione è una differenza fondamentale e di vasta portata. In breve, la dottrina di Giovanni Calvino sostiene che solo alcune persone sono destinate alla salvezza, mentre il resto è destinato (o "devoto" da Dio) alla dannazione.
In altre parole, a differenza di tutte le altre principali denominazioni cristiane, i presbiteriani credono che Dio abbia attivamente selezionato le persone per rispondere al suo invito alla salvezza.
L'organizzazione del presbiterianesimo è un'altra importante differenza. Gli anziani sono eletti e ordinati a posizioni di autorità dai laici. Il loro ruolo è quindi quello di servire gli interessi della loro congregazione come parte di un organo direttivo, o "sessione". Quando un certo numero di sessioni si riuniscono per discutere gli affari della chiesa, sono chiamati "presbiterio". Collettivamente, più presbiteri sono indicati come un "sinodo". Quando si riuniscono per discutere di questioni relative alla denominazione in generale, i sinodi formano l'Assemblea Generale presbiteriana.
