Gli effetti collaterali più comuni della melassa sono le feci e la diarrea, come affermato da Ayur Times. Le persone che prendono più di 3 cucchiaini di melassa al giorno possono anche provare gonfiore addominale, dolore e crampi.
Alcune persone avvertono vertigini o nausea quando assumono melassa per la prima volta, quindi è meglio prenderlo con il cibo o a stomaco pieno, secondo l'Ayur Times. Le persone che sono allergiche alla canna da zucchero dovrebbero evitare la melassa. Le donne che sono incinte o che allattano dovrebbero consultare un medico prima di assumere regolarmente melassa, così come le persone che hanno glicemia alta.