I rifiuti agricoli possono produrre diversi effetti dannosi, compresi i rischi per la salute e la contaminazione dei corpi idrici circostanti e dell'atmosfera. I rifiuti agricoli, se non smaltiti correttamente, possono causare effetti a breve e a lungo termine sugli ecosistemi, sulla terra e su ambienti più ampi introducendo tossine estranee nel suolo e nell'acqua.
L'inquinamento agricolo proviene da diverse fonti. Pesticidi e fertilizzanti comprendono la maggior parte dei rifiuti agricoli e comprendono prodotti chimici e materiali sintetici prodotti dall'uomo. I composti sintetici spesso non si biodegradano se esposti all'aria o all'acqua e possono persistere per decenni o addirittura un secolo. Queste sostanze chimiche vengono spruzzate sui campi coltivati per tenere lontani gli insetti e immettere flussi e corsi d'acqua come deflusso. L'acqua contaminata è un altro effetto primario dei rifiuti agricoli; l'acqua viene contaminata da fertilizzanti e residui di pesticidi, insieme a agenti patogeni come virus e batteri, che possono entrare nei sistemi di acqua potabile. Secondo Conserve Energy Future, l'inquinamento agricolo è una fonte primaria di inquinamento in acqua e laghi, poiché le sostanze chimiche e le tossine si insinuano nelle falde acquifere dopo essersi insediate sul fondo di questi grandi corpi idrici. L'accumulo di queste sostanze porta alla fine a problemi di salute come la sindrome del bambino blu e disturbi neurologici. I rifiuti agricoli possono anche influire negativamente sugli animali e le piante acquatiche perché fertilizzanti, letame, ammoniaca e rifiuti si insinuano negli ambienti locali e interrompono i processi ecosistemici.
