L'inquinamento delle acque nutrienti causa una crescita eccessiva di alghe e piante microscopiche, mentre gli inquinanti tossici in acqua possono mettere le piante sotto stress o addirittura ucciderle. Se l'inquinamento ha un effetto positivo o negativo sulla vita vegetale, sconvolge l'equilibrio dell'ecosistema, spesso con effetti devastanti.
L'inquinamento da sostanze nutritive si verifica spesso a causa di molte attività umane, tra cui il deflusso dai terreni agricoli. La pioggia scioglie il fosforo e l'azoto dai fertilizzanti applicati alle colture e ai rifiuti di origine animale. L'aumento delle sostanze nutritive porta a una potenziale fioritura di alghe che causa punti morti nell'acqua a causa dell'esaurimento di ossigeno.
La pioggia acida è un'altra forma di inquinamento delle acque che influisce sulla vita delle piante. La pioggia acida si verifica quando l'acqua nell'atmosfera dissolve sostanze chimiche, tra cui anidride solforosa e biossido di azoto, formata da vulcani e motori di automobili. Quando la precipitazione cade a terra, inquina le riserve idriche. Abbassa il pH dell'acqua e in definitiva il terreno, inibendo la crescita di alcune piante e uccidendone altre.
La fitotossicità si verifica quando le tossine si accumulano nell'ambiente e il sistema radicale della pianta le assorbe. I prodotti chimici si accumulano nei sistemi idrici e nell'ambiente con un effetto cumulativo. Il mercurio, che colpisce anche pesci e animali, ha un effetto tossico sulle piante. Le piantine non crescono mentre le piante mature iniziano a appassire e muoiono a causa della fitotossicità.
