Svantaggi dell'utilizzo di un sistema di informazioni geografiche, o GIS, sono che la sua natura tecnica potrebbe rappresentare risultati più affidabili di quanto non siano in realtà, e gli errori e le ipotesi possono essere nascosti, portando ad una mancanza di domande nel risultati. Un altro svantaggio dell'analisi dei risultati di un GIS è che i risultati saranno accurati solo quanto i dati da cui provengono. Per questo motivo, i dati potrebbero non essere in grado di offrire diversi contesti, in particolare se i dati non sono applicabili.
Ad esempio, se i dati di input su un GIS sono inseriti a livello di contea, i risultati nel GIS saranno utilizzabili solo a livello di contea, non di qualsiasi altro livello, come i livelli di distretto o di reparto. La disponibilità dei dati, di per sé, è anche un grosso problema. Se i dati non sono disponibili, il sistema GIS è inutile.
Inoltre, i sistemi GIS non sono come altri programmi. Non vengono "dallo scaffale", il che significa che devono essere assemblati e costruiti per un progetto utente. Questo potrebbe essere un processo lungo, complesso e costoso. Per questo motivo, molti sistemi GIS non ottengono risultati o falliscono nella loro implementazione perché la loro creazione è stata affrettata o pianificata in modo inadeguato.
I sistemi GIS sono spesso così complessi, infatti, che diventa difficile descrivere i benefici immateriali che possono fornire, rendendo difficile trovare finanziamenti per la loro creazione. Inoltre, la tecnologia alla base della tecnologia GIS si espande rapidamente, causando un alto tasso di obsolescenza dei sistemi GIS. È anche molto difficile realizzare programmi GIS veloci e intuitivi. I sistemi GIS richiedono in genere un linguaggio di comando complesso. Anche i campi di dati e la loro accessibilità non sono molto chiari e i dati possono diventare incompleti, obsoleti o errati, rendendo il GIS fuorviante.