Alcuni degli svantaggi dell'integrazione economica regionale includono uno spostamento della forza lavoro, una minore efficienza negli scambi, la creazione di barriere commerciali per i non membri e la perdita di sovranità in una certa misura. L'integrazione economica è, tuttavia, considerato come la chiave per lo sviluppo internazionale, in quanto abbatte diverse barriere commerciali tra gli stati membri.
Uno dei demeriti dell'integrazione economica regionale è che incoraggia lo spostamento della forza lavoro. Se, ad esempio, una particolare regione offre opportunità redditizie, la maggior parte dei professionisti è destinata a trasferirsi dai paesi nativi al paese con migliori opportunità. Ciò potrebbe creare nuove sfide per il paese nativo nel tentativo di competere con gli altri.
Un altro demerito è che l'inefficienza del commercio potrebbe crearsi. Ad esempio, se un paese tradizionalmente impegnato nel commercio con un particolare paese, il suo commercio può essere costretto a fermarsi se vengono stabilite nuove leggi che impediscono ai paesi di commerciare con altri che non appartengono all'unione economica. I paesi all'interno dell'Unione possono offrire prezzi più bassi o possono essere troppo costosi, rendendo il commercio difficile o meno redditizio.
Una volta entrate in vigore le nuove leggi regionali, i paesi membri potrebbero perdere la loro sovranità in determinate materie. Le nuove leggi possono essere imposte a tutti i paesi affinché consultino e costruiscano un consenso prima di fare nuove cose, e questo può essere considerato una perdita di sovranità.
