I due regni di batteri sono Archaebacteria ed Eubacteria. I due regni erano precedentemente classificati in un solo regno, Monera, ma i due tipi di batteri hanno mostrato una variazione sufficiente da giustificare la riclassificazione in due regni separati.
Sebbene sia l'Archaebacteria che l'Eubacteria siano procarioti, nel senso che non hanno strutture legate alla membrana chiamate organelli, i due regni hanno così tante differenze tra loro che appartengono ad un dominio separato. Gli altri quattro regni, protisti, funghi, piante e animali appartengono a un unico dominio.
Gli Archaebacteria comprendono organismi che vivono in ambienti ostili come sorgenti calde, acqua salata e prese d'aria profonde. Gli eubatteri includono i batteri che sono più familiari agli esseri umani. I cianobatteri, o alghe blu-verdi, appartengono agli eubatteri. Altri eubatteri causano malattie umane come mal di gola e botulismo.
