I fattori abiotici sono le parti non viventi di un ecosistema. I fattori abiotici dell'Antartide sono le basse temperature, la piccola quantità di precipitazioni e la calotta polare. I fattori abiotici funzionano con i fattori biotici, o viventi, per modellare l'ecosistema.
L'Antartide è un deserto polare. Riceve meno di 50 millimetri di precipitazioni all'anno e l'umidità relativa scende allo 0,03%. L'Antartide mantiene la sua copertura ghiacciata in queste condizioni perché pochissimo della neve e del ghiaccio si scioglie o sublima. Invece continua ad accumularsi nel tempo, formando la spessa coltre di ghiaccio.
Oltre ai suoi habitat oceanici e glaciali, l'Antartide ha un fiorente ecosistema di laghi sottomarini. Questi laghi sono protetti dal freddo dalla calotta di ghiaccio e non sono stati esposti alla luce del sole o all'aria aperta per almeno 120.000 anni. Alcune stime scientifiche pongono la loro formazione già da un milione di anni. Questi laghi formano il più grande ecosistema inesplorato del mondo, coprendo il 9% della massa terrestre della Terra.
Si conferma che l'archaea e i batteri vivono in questi laghi e si ipotizzano condizioni per supportare i protisti. Esiste la possibilità che piccoli vermi e artropodi possano sopravvivere in questo ecosistema, ma l'approvvigionamento alimentare disponibile nei laghi non sosterrebbe organismi più grandi.
