I filamenti di DNA anti-paralleli sono i singoli filamenti che si trovano all'estremità di ogni molecola di DNA. Un'estremità è chiamata 3 prime e l'altra è chiamata 5 prime.
I filamenti di DNA anti-parallelo che poggiano su ciascuna estremità dell'elica del DNA scorrono in direzioni opposte, da cui il loro nome. I 3 primi e 5 nomi principali derivano dalla notazione per gli atomi di carbonio dello zucchero che mantengono i legami fosfodiestere insieme. Un filamento di DNA è anti-parallelo se corre parallelo ad un altro filo, ma gira nella direzione opposta. La testa di un filo si estende parallelamente alla coda dell'altro.
