C'è solo un predatore documentato di boa di albero di smeraldo sono aquile crestate della Guiana. Tuttavia, molti altri rapaci, come le aquile arpie, sono certamente in grado di uccidere e mangiare i boa. Inoltre, i gatti di grandi dimensioni, come i giaguari, probabilmente mangiano boa di alberi di smeraldo quando li trovano.
I modi principali in cui gli alberi di smeraldo si proteggono dai predatori includono il loro incredibile mimetismo, le abitudini arboree e il ciclo di attività notturno. I boa degli alberi di smeraldo sono di colore verde intenso, ma presentano anche segni bianchi, gialli, grigi e blu assortiti. La colorazione verde aiuta i serpenti a mimetizzarsi con il fogliame verde del baldacchino della foresta pluviale, mentre i segni colorati aiutano a rompere il contorno dei serpenti. Trascorrendo la maggior parte del giorno dormendo mentre si raggomitolavano attorno a un ramo, i boa degli alberi di smeraldo si svegliavano dopo il buio per cacciare. Se attaccati da un predatore, i boa degli alberi di smeraldo si aggrappano tenacemente al loro ramo e colpiscono vigorosamente.
I boa degli alberi di smeraldo hanno una visione adeguata, ma il modo principale in cui rilevano i predatori è attraverso il profumo. Usando le loro lingue biforcute, i boa degli alberi di smeraldo possono sentire l'odore dei predatori anche prima che siano abbastanza vicini da poter essere visti. I boa degli alberi di smeraldo usano anche il loro eccellente olfatto per localizzare, tracciare e catturare le prede, come roditori e rane.