I sistemi di riconoscimento dei caratteri di inchiostro magnetico offrono elevati livelli di sicurezza perché i caratteri MICR sono scritti usando inchiostro di ossido di ferro e seguono un formato rigoroso, che rende praticamente impossibile la forgiatura; tuttavia, questi sistemi specializzati sono costosi e possono essere utilizzati solo per leggere i caratteri MICR scritti in formati specifici. Le cartucce utilizzate nelle stampanti MICR sono anche più costose rispetto ad altre cartucce di toner.
Un altro vantaggio chiave del riconoscimento dei caratteri di inchiostro magnetico è che ha un piccolo errore di lettura. Gli scanner MICR sono sviluppati per decifrare con precisione i personaggi, purché rispettino gli standard stabiliti dall'American Bankers Association, dall'ABA e dall'American National Standards Institute, ANSI.
Questi standard sono piuttosto alti e potrebbero essere difficili da raggiungere, il che può essere uno svantaggio nettamente per alcune istituzioni. ANSI gestisce e implementa tutti gli standard di stampa; se i font MICR non soddisfano gli standard impostati, causeranno errori di elaborazione e saranno rifiutati presso banche e altre istituzioni.
La tecnologia di riconoscimento dei caratteri dell'inchiostro magnetico è utilizzata principalmente dalle banche per verificare la validità dei controlli; alcune compagnie aeree li usano per convalidare i biglietti aerei. I caratteri e i numeri si trovano in genere nella parte inferiore dei controlli. Le stampanti laser che utilizzano i toner MICR vengono utilizzate per stampare i caratteri dell'inchiostro magnetico.
