La perdita di habitat nei Grandi Laghi è attribuita a specie invasive, inquinamento, sviluppo del litorale, passaggio di navi, scomparsa di specie native e prelievi di acqua dai bacini dei Grandi Laghi. Una piccola porzione di perdita di habitat nei Grandi Laghi deriva da fenomeni naturali, tra cui disastri naturali come inondazioni e siccità. Tuttavia, la maggior parte delle modifiche a questo fragile ecosistema deriva dall'attività umana.
Nei Grandi Laghi, insieme ad altri ecosistemi, l'introduzione di specie non native rappresenta una minaccia significativa. Le specie invasive sono organismi come piante, batteri e animali che vengono trasportati in habitat da altre località. Al momento dell'introduzione, queste specie potrebbero superare gli organismi nativi per risorse scarse come cibo, acqua e riparo. Le specie invasive possono anche uccidere le specie native mediante la predazione diretta o, nel caso di batteri e virus, attraverso malattie e malattie.
L'inquinamento è un altro fattore nella perdita di biodiversità nella regione dei Grandi Laghi. L'inquinamento arriva in due forme primarie: sorgente di punti e fonte non puntiforme. L'inquinamento da fonti non puntiformi si verifica quando l'acqua proveniente dalla fusione di neve e dalla pioggia trasporta gli inquinanti nei corsi d'acqua e nelle falde acquifere. L'inquinamento da fonti puntuali proviene da fonti dirette come fabbriche e centrali a carbone. Infine, il frequente passaggio di navi e imbarcazioni motorizzate attraverso i Grandi Laghi contribuisce a produrre quantità significative di sostanze chimiche tossiche e inquinanti nelle acque e nell'aria circostanti.
