Le risorse naturali del Missouri comprendono piombo, zinco, minerale di ferro, dolomite, barite, calcare, rame, granito, marmo, arenaria, terreno per attività agricole e numerosi laghi e fiumi. Il Missouri produce il 90 percento del piombo non riciclato negli Stati Uniti, ad agosto 2014. I prodotti agricoli comprendono soia, mais, fieno, bovini, tacchini e polli.
Il Missouri ha più di 300 miniere, responsabili di $ 8 miliardi di attività economiche, ad agosto 2014. Le miniere del Missouri danno lavoro a più di 30.000 persone. Il Missouri è il primo stato produttore di piombo, e l'80% del piombo estratto nel Missouri finisce nelle batterie per auto. Il Missouri è anche il produttore numero uno di calce negli Stati Uniti, la maggior parte dei quali è destinata alla produzione di cemento. Lo stato Show-Me è il terzo dello zinco, il quinto del rame e il sesto dell'estrazione dell'argento di tutti i 50 stati.
I corsi d'acqua del Missouri includono fiumi come il Missouri, il Mississippi, il Platte, l'Osage, il Meramec, la Gasconade, San Francesco e la corrente. I laghi più grandi dello stato, tutti artificiali, includono il Lago degli Ozarks, Table Rock, Stockton e Bull Shoals.
Le principali specie di pesci nei laghi e fiumi dello stato includono pesce gatto, trota, spigola, crappie, walleye e persico. La più piccola specie di pesci del Missouri è la meno audace a 1,5 pollici, e la più grande è l'enorme pesce pagaia a più di 100 sterline.
