Le razze di cavalli domestici hanno 64 cromosomi. Il cavallo di Przewalski, l'unica razza di cavallo selvaggio conosciuta, ha 66 cromosomi. Nonostante questa differenza, entrambe le razze di cavalli sono in grado di accoppiarsi e produrre una prole fertile.
Mappato nel 2007 da Horse Genome Project, il materiale genetico di un cavallo include 2,7 miliardi di coppie di basi di DNA all'interno di ciascun cromosoma. Altri animali con 64 cromosomi sono il cincillà, la volpe del fennec e la puzzola macchiata. Gli asini, che hanno 62 cromosomi, sono allevati con il cavallo domestico per produrre muli, che hanno 63 cromosomi. A causa di questo numero dispari, la maggior parte dei muli sono sterili.