La ricombinazione somatica si riferisce al processo che coinvolge la formazione di geni di immunoglobina attraverso la ricombinazione degli elementi genetici della linea germinale, o segmenti del gene dell'immunoglobina, all'interno di un singolo locus. Questo processo si verifica nel tessuto linfoide primario, che è il midollo osseo per le cellule B e il timo per le cellule T. La ricombinazione somatica precede il contatto con l'antigene e si verifica durante lo sviluppo delle cellule B nel midollo osseo.
Nei mammiferi, i segmenti del gene dell'immunoglobina sono organizzati in gruppi di esoni variabili (V), diversità (D), congiungenti (J) e costanti (C). Nei linfociti vertebrati, la ricombinazione somatica combina in modo casuale diversi segmenti del gene Variable, Diverse e Joining. Scelte casuali di diversi geni si traducono in diverse codificazioni di proteine, corrispondenti antigeni di batteri, parassiti, virus, cellule disfunzionali e pollini.
Un DH e un JH sono collegati in modo casuale con la rimozione di tutto il DNA intermedio (unione D-J). Questo è seguito da una splicing casuale del segmento VH al segmento di DJH riarrangiato. Le sequenze intermedie tra VDJH e CH sono trascritte nell'mRNA primario. Nel nucleo, lo splicing dell'mRNA primario produce un messaggio maturo, che viene tradotto nella catena H quando trasportato nel citoplasma. Il DNA umano per la catena H ha circa 50 segmenti VH funzionali, 30 segmenti DH e sei segmenti JH. I primi due CDR e tre FR della regione variabile della catena pesante subiscono la codifica mediante VH.
La formazione casuale di molte diverse combinazioni VJL e VDJH genera diversità combinatoria. D'altra parte, l'unione imprecisa dei segmenti genici e l'aggiunta di nucleotidi ai siti di splicing della sequenza del DNA si traducono in diversità giunzionali.
