Il concetto di specie filogenetica definisce una specie come un gruppo di organismi che condivide un antenato comune e può essere distinta dagli altri organismi che non condividono quell'antenato. Come un'analogia, il concetto di specie filogenetica afferma che sull'albero della vita le specie sono i rametti distali. Questo contrasta con il concetto di specie biologiche, che afferma che gli organismi sono della stessa specie se riescono ad incrociarsi con successo.
Gli scienziati non hanno ancora definito una definizione perfetta per il termine "specie". Il concetto di specie filogenetica è una delle alternative proposte all'attuale concetto di scelta, il concetto di specie biologica. Mentre il concetto di specie biologica ha senso quando si cerca di determinare che un elefante e un topo sono specie diverse, non è un indicatore valido tra tutte le specie. Molti rettili possono riprodursi con successo con altri gruppi di animali che sono ovviamente diverse specie. In alcuni casi, i serpenti sono stati allevati con successo con i serpenti di altre famiglie.
Il concetto di specie filogenetica pone le relazioni evolutive in prima linea nella discussione e elude i problemi associati alla fertilità. Tuttavia, il concetto di specie filogenetica fallisce in altre aree. Per esempio, le specie ad anello sono raccolte di animali che si sono allontanati l'uno dall'altro così da non essere in grado di incrociarsi, ma chiaramente condividono un antenato comune e unico. Questo li rende filogeneticamente una singola specie, anche se rappresentano animali chiaramente diversi.
