Due amminoacidi in una proteina sono uniti insieme da un legame peptidico, o legame ammidico. Gli aminoacidi sono legati dal gruppo alfa-carbossilico di uno con il gruppo alfa-ammino dell'altro . Le proteine sono composte da una serie di legami peptidici collegati tra loro per formare catene polipeptidiche lineari.
Quando due aminoacidi sono uniti insieme in un legame peptidico, la reazione causa la perdita di una molecola d'acqua. Una catena polipeptidica è polare perché ha estremità differenti, con un gruppo alfa-carbossilico su un'estremità e un gruppo alfa-amminico all'altra. Le proteine consistono in una catena polipeptidica tra 50 e 2.000 amminoacidi, uniti da legami peptidici.