Howard Garns, un creatore di puzzle freelance, ha inventato il Sudoku nel 1979, anche se lo chiamava "Number Place". I puzzle simili erano prevalenti nel XVIII secolo in Svizzera e successivamente in Francia.
Sebbene il gioco sia stato inventato a Connorsville, nell'Indiana, è apparso per la prima volta in Giappone ed è cresciuto in popolarità, prima di essere ribattezzato Sudoku. Un giudice della Nuova Zelanda di nome Wayne Gould ha scoperto il gioco mentre si trovava a Tokyo e ha sviluppato un programma per computer che produceva puzzle di Sudoku. Nel 2004, The Conway, un giornale del New Hampshire, ha iniziato a presentare Sudoku, e la popolarità del puzzle è cresciuta esponenzialmente negli Stati Uniti e in tutto il mondo da allora.