Gli scienziati non sono sicuri dei movimenti esatti del corpo coinvolti nella copulazione dello stegosauro perché non ci sono esempi moderni disponibili; tuttavia, hanno diverse teorie basate sui discendenti viventi dei dinosauri. Certamente il maschio non ha montato la femmina come la maggior parte delle specie animali. Invece, è possibile che giacciano pancia a pancia, o che la femmina si sia sdraiata mentre il maschio stava accanto a lei. Gli scienziati suggeriscono addirittura che potrebbero essersi schierati uno dopo l'altro.
È noto che i dinosauri, incluso lo stegosauro, deponevano le uova. Biologicamente, quindi, il tempo necessario per la riproduzione era minimo, sebbene dovessero avere un'intimità fisica reale, a differenza dei pesci. Invece, come gli uccelli moderni, è possibile che una piccola quantità di sperma depositato nella femmina possa fecondare le uova per diverse settimane.
Dal momento che nessun dinosauro conservato o impressioni di tessuti molli sono stati localizzati da nessun dinosauro in questo momento, è impossibile sapere come queste creature ossute e pungenti si siano riprodotte. Come i porcospini e i ricci moderni, è chiaro che si riproducono da migliaia di anni. La natura trova sempre un modo, ed è possibile che gli organi genitali maschili e femminili fossero appositamente sagomati per permettere che il processo si svolgesse senza troppe difficoltà.
