Anche se c'era una teoria popolare che lo stegosauro poteva avere due cervelli, uno nella sua testa e uno verso la coda o il posteriore, questa idea è stata ampiamente screditata in paleontologia. Alcuni paleontologi potrebbero ancora aggrappato a questa teoria e cerca di trovare i modi in cui potrebbe essere vero, ma nel complesso, questa non è un'idea accettata.
Gli scienziati hanno a lungo postulato che lo stegosauro doveva avere un cervello relativamente piccolo rispetto alle sue dimensioni, che potrebbe essere la radice del mito del cervello. Tuttavia, non ci sono prove a sostegno dell'idea che questo dinosauro avesse un cervello separato per controllare la sua metà posteriore.
