Il nucleo controlla indirettamente ciò che accade in un lisosoma producendo DNA che viene copiato in una proteina, che quindi si lega al DNA che costruisce i lisosomi. I lisosomi, piccole sacche piene di enzimi, sono responsabili della digestione di particelle estranee o di molecole in eccesso nella cellula. Questo primo tipo di DNA ha il potere di attivare determinati geni nel DNA di costruzione del lisosoma, controllando in tal modo le caratteristiche e le funzioni dei lisosomi.
Il gene che controlla la produzione di lisosoma nel nucleo è chiamato TFEB. Un gene TFEB può produrre molte proteine duplicate, ciascuna delle quali si lega ai nuovi geni operai e li attiva. All'interno del nucleo stesso, le proteine chiamate fattori di trascrizione sono responsabili dell'attivazione del TFEB. Lo trasformano da DNA a RNA, che può essere copiato in una proteina. Il nucleo ha quindi il controllo sul numero di proteine che creano lisosoma e su quanto velocemente. Secondo Science Magazine, se c'è una sovrapproduzione del gene TFEB, c'è anche una sovrapproduzione di lisosomi.
Gli enzimi trovati nei lisosomi non sono prodotti dal nucleo ma da un organello chiamato l'apparato di Golgi. Questi enzimi sono in grado di digerire proteine, zuccheri, grassi e altri lipidi, acidi nucleici e batteri nocivi dall'esterno della cellula.
