Seguendo la tradizione di nominare pianeti dopo antiche divinità romane, Plutone deriva il suo nome dal dio romano degli inferi. L'Osservatorio Lowell ha nominato il pianeta dopo aver ricevuto il suggerimento da parte dell'11enne Venetia Burney di Oxford, in Inghilterra. Plutone ha ricevuto ufficialmente il suo nome il 24 marzo 1930.
L'Osservatorio di Lowell ha ricevuto oltre 1.000 nomi suggeriti per il pianeta. Inizialmente, Burney suggerì il nome a suo nonno, che trasmise il suggerimento a un astronomo. L'astronomo Herbert Hall Turner ha passato il nome agli astronomi dell'Osservatorio Lowell di Flagstaff, in Arizona. Il nome Pluto è stato selezionato all'unanimità da una breve lista, che includeva anche i nomi suggeriti Minerva e Crono.
Le lune di Plutone prendono il nome da figure associate al dio Plutone. Charon, il primo scoperto delle lune di Plutone, prende il nome dal barcaiolo della malavita romana che traghetta le anime dei morti attraverso il fiume fino agli inferi. Scoperti decenni dopo, le lune Nix e Hydra prendono il nome rispettivamente dalla madre di Charon e dal guardiano multi-capo degli inferi. Successivamente le lune scoperte prendono il nome da Kerberos, un cane a tre teste della mitologia greca, e Styx, il nome del fiume attraverso il quale Charon traghetta le anime verso gli inferi.
Mentre Plutone è il nome generalmente accettato del pianeta, alcune lingue usano il nome di figure malavitose di tradizioni diverse. Alcune lingue dell'Asia orientale chiamano il pianeta Meiosei. In Hindi il pianeta si chiama Yama, mentre in Maori il pianeta è chiamato Whiro.
