Andrew Weil, MD, consiglia di iniziare il trattamento probiotico contemporaneamente all'avvio di una prescrizione di antibiotici. I probiotici possono essere assunti con il cibo a colazione e a cena, e non dovrebbero essere sospesi fino a qualche giorno dopo il giro di antibiotici è completo. Weil consiglia l'uso di marchi che contengono miliardi di unità che formano colonie, nonché i ceppi Bacillus coagulans (BC-30) o Lactobacillus GG.
NowFoods sottolinea l'importanza di proteggere l'integrità delle colture batteriche viventi seguendo le istruzioni di conservazione raccomandate dal produttore. I probiotici liquidi devono essere conservati in frigorifero per mantenerli freschi, e si raccomanda che le capsule e le compresse vengano trattate allo stesso modo. Se ciò non è possibile, capsule e compresse devono essere conservati in un luogo fresco e asciutto, lontano da fonti di calore e umidità. I probiotici vengono spesso venduti con pacchetti di freschezza per gestire la loro esposizione a effetti ambientali dannosi. La potenza di questi supplementi diminuisce lentamente di circa il 5 percento ogni mese nel corso di diversi mesi fino a quando non sono resi definitivamente inutili. Conservare i probiotici nel frigorifero aiuta a rallentare questo tasso di declino e prolunga la loro efficacia. Per questo motivo, Weil consiglia alle persone di rimanere a conoscenza della data di scadenza dei probiotici e di sostituirli in caso di scadenza di tale data.