Il fenomeno meteorologico noto come El Niño è causato dagli alisei indeboliti sull'Oceano Pacifico. Di norma, gli alisei spingono l'acqua calda verso l'Oceano Pacifico occidentale, provocando l'innalzamento dell'acqua fredda nell'Oceano Pacifico orientale. I venti indeboliti inibiscono questo, causando un evento El Niño.
I forti alisei che normalmente causerebbero l'aumento delle acque oceaniche profonde al largo della costa del Sud America sono indeboliti durante un evento di El Niño. La causa esatta degli alisei indeboliti è sconosciuta; tuttavia, gli scienziati hanno notato un'oscillazione delle temperature superficiali dell'acqua nell'oceano Pacifico, denominata Oscillazione del Sud El Niño.
L'area dell'Oceano Pacifico intorno all'Indonesia è spesso indicata dagli scienziati come il Pacific Warm Pool. Normalmente, le acque più calde della Pacific Warm Pool vengono spinte verso ovest dagli alisei. El Niño è caratterizzato principalmente dall'indebolimento di questo fenomeno.
Gli effetti di El Niño si possono sentire in tutto il mondo, ma riguardano principalmente il Sud America. El Niño si traduce spesso in maggiori precipitazioni, temporali, massacri di pesci e, in eventi estremi di El Niño, massicce inondazioni. El Niño provoca anche cambiamenti di temperatura nei modelli climatici regionali in tutto il mondo. El Niño si verifica durante i mesi di dicembre, gennaio e febbraio.