I funghi si riproducono in due modi: asessualmente attraverso la mitosi o sessualmente attraverso la meiosi. La riproduzione sessuale avviene molto meno frequentemente rispetto alla produzione asessuale e solitamente solo quando è necessario adattarsi ai cambiamenti ambientali.
La riproduzione asessuale avviene attraverso spore vegetative, attraverso la frammentazione micellare o il germogliamento.
La riproduzione vegetativa si verifica quando una singola cellula aploide produce milioni di spore attraverso la mitosi che sono geneticamente identiche alla cellula originale. Queste spore sono incubate all'interno di una struttura chiamata sporangio e sono disperse attraverso una varietà di mezzi, come essere guidati dal vento, attaccarsi ad altri organismi e persino galleggiare nell'acqua. Una volta che queste spore trovano un ambiente vitale, iniziano a crescere e riprodursi.
La frammentazione micellare si verifica quando il fungo si scompone in molti frammenti separati e ognuno di questi cresce in un nuovo organismo geneticamente identico all'originale.
A differenza della maggior parte dei funghi, il lievito utilizza un diverso metodo di riproduzione asessuale noto come budding, in cui una prole viene formata e pinzata dalla cella originale.
A causa della necessità di adattarsi a nuovi ambienti, la maggior parte dei funghi ha anche la capacità di riprodurre sessualmente, attraverso la meiosi. Questo processo coinvolge due diversi ceppi di cellule aploidi che si fondono insieme per creare una spora diploide, nota come zigospora. La progenie risultante contiene caratteristiche genetiche di entrambi i genitori.