Un ecosistema di acqua dolce è un tipo di ecosistema acquatico con una bassa concentrazione di sali. Comprende laghi, stagni, sorgenti, fiumi, torrenti e zone umide. Può essere diviso in due categorie: l'ecosistema lentico o di acque ferme e l'ecosistema iotico o fluviale.
Laghi e stagni appartengono all'ecosistema lentico. Questi corpi idrici possono variare da pochi metri quadrati a centinaia e migliaia di miglia quadrate. Il lago più grande, il Lago Baikai in Asia centrale, costituisce circa un quinto dell'acqua dolce della Terra. Laghi e stagni di solito hanno poca diversità di specie e sono isolati dagli altri corpi idrici.
Ruscelli e fiumi sono corpi di acqua che scorre in una direzione. L'acqua dell'ecosistema iotico proviene da sorgenti, neve sciolta nelle montagne e persino laghi. L'acqua finisce alle loro bocche e poi entra in un altro canale fluviale, un lago o un oceano. Un estuario, un altro habitat acquatico, viene creato quando l'acqua dolce proveniente da un ambiente fluviale si mescola con l'acqua salata proveniente da un ecosistema marino.
Una zona umida d'acqua dolce è un landform saturo d'acqua sia stagionalmente che permanentemente. A causa del suo suolo idrico, una grande varietà di piante e animali prosperano nelle zone umide. La variegata fauna selvatica che si trova nelle zone umide è adattata a prosperare in condizioni di suolo saturo. Alcuni esempi di zone umide includono paludi, mangrovie, paludi, paludi e paludi.