Un fenotipo intermedio descrive un organismo che mostra una miscela dei tratti fenotipici espressi dai suoi genitori. Se un fiore rosso incrocia un polline con un fiore bianco e la prole risultante è rosa, la prole descritta come fenotipo intermedio. Fenotipi intermedi si verificano quando i tratti sotto esame non sono né dominanti né recessivi.
I fenotipi intermedi sono abbastanza comuni in tutto il mondo vivente. La maggior parte delle persone esprime un fenotipo che è intermedio rispetto ai genitori in molti modi. Tuttavia, gli organismi che possiedono fenotipi intermedi possono anche mostrare tratti che sono dominanti o recessivi. Ad esempio, due bambini umani possono esibire simultaneamente tratti dominanti o recessivi e quelli di un fenotipo intermedio. Il colore degli occhi dei bambini è in gran parte il risultato di geni dominanti e recessivi. Al contrario, l'altezza, il peso, il colore dei capelli, l'intelligenza e molti altri tratti del bambino sono generalmente esempi di fenotipi intermedi.
Un organismo porta le istruzioni genetiche per la sua costruzione nel DNA delle sue cellule. Questo codice genetico è chiamato genotipo dell'organismo. Questo codice istruisce le cellule dell'organismo a costruire una collezione di proteine. Inoltre, il codice genetico indica al corpo dell'organismo come organizzare le proteine. La struttura fisica risultante dal genotipo dell'organismo è chiamata fenotipo.